2019年6月15日，北京市近3700家医疗机构同步实施医耗联动综合改革。医院非常重视此项工作，自2019年3月12日开始启动，进行了前期目录的梳理、数据的测试等一系列各个环节的准备工作。学校领导也对此项工作给予了高度的重视。

2019年6月14日上午9:00，清华大学常务副书记姜胜耀、后勤副总务长邱显清来校医院进行医改工作的调研。特别强调，医改工作的重要意义及学校做好后勤保障工作。

2019年6月14日20:30，海淀区社管中心领导来医院进行医改工作的督导工作。

2019年6月14日21:00，在学校信息中心的配合下，开始进行系统备份，切换为应急模式，做好病人的解释、疏导工作。

2019年6月14日22:30，备份完成，进行系统切换。

2019年6月14日22:30，各个部门进行数据测试，6月15日2:30，全院数据测试完成。

2019年6月15日0:10，医保票据上传完成。

2019年6月15日0:30，海淀区卫健委来医院进行医改工作的督导。

2019年6月15日上午，清华园卫生监督所来医院进行医改工作的督导。

2019年6月15日，医改首日，医院运行平稳，院领导在岗值守。

2019年6月17日，医改首个工作日，要求全院7:50准时开诊，确保医改工作平稳过渡。