硫酸氨基葡萄糖与盐酸氨基葡萄糖具有相同的药代动力学特性，都在胃酸中完全解离，小肠中以氨基葡萄糖原形吸收。人体的胃中天然存在相当浓度的盐酸，当硫酸氨基葡萄糖进入胃中后，与盐酸混合，99%会转变为盐酸氨基葡萄糖。而治疗骨关节炎只与“氨基葡萄糖有关”，与是盐酸根还是硫酸根无关。因此，也无证据表明其二者在疗效上有优劣之分。更需要关注是成分中所含氨基葡萄糖的比例。

    两者的区别：主要就是含有氨基葡萄糖的纯度不同。相较于硫酸氨基葡萄糖，盐酸氨基葡萄糖的纯度更高。盐酸氨基葡萄糖是一种单糖，硫酸氨基葡萄糖是一种双糖。因为硫酸氨基葡萄糖盐极易吸潮和氧化，市售的部分硫酸氨基葡萄糖产品实际上是复盐。为了保持稳定性，必须加入20%左右的氯化钠或者氯化钾作为稳定剂，这就意味着硫酸氨基葡萄糖的纯度最高只能为80%；而盐酸氨基葡萄糖的高稳定性决定了他不用添加任何稳定成分，因此通常情况下，盐酸氨基葡萄糖的纯度更高，生物利用度也更高。